Introducción: La reforma de la salud introdujo la figura de los Establecimientos de Autogestión en Red. La investigación tuvo por objetivo explorar las percepciones de los profesionales hospitalarios con relación a la etapa de implementación de la política de Establecimientos de Autogestión en Red en un hospital de alta complejidad en el sur de Chile. Material y método: Estudio cualitativo de caso único holístico basado en entrevistas semi-estructuradas en profundidad a profesionales de la salud del Hospital San José de la ciudad de Osorno durante el período de agosto de 2010 a diciembre de 2011. Se seleccionó una muestra intencionada de 19 profesionales. Se realizaron 19 entrevistas, las cuales fueron grabadas y transcritas en forma literal. El análisis de las entrevistas se realizó mediante la técnica de análisis de contenido en su aproximación convencional. Resultados: Para los entrevistados, la conceptualización de la autogestión está determinada por la autonomía para la toma de decisiones respecto de la asignación de recursos y el financiamiento. Asimismo, las debilidades se relacionaron a la ausencia de capacidades organizacionales y competencias gerenciales de los equipos de salud para la implementación de los cambios. Para los profesionales, para mejorar la etapa de implementación se deben incluir opciones de políticas de recursos humanos y de financiamiento de la función de provisión. Discusión: La política de autogestión hospitalaria es conceptualizada desde la autonomía financiera. Asimismo, la implementación ha estado determinada por las brechas que persisten entre el diseño e implementación de la política de autogestión hospitalaria en red.